V 2. polovici 13. storočia vlastnil rozsiahle územia v severovýchodnej časti Malých Karpát rod Abovcov. V roku 1262 sa ako hraničný bod ich majetkov spomína vrch Dobrá Voda, ktorý môžeme stotožniť s návrším za dnešným kostolom, kde vyvieral mohutný prameň potoka Blava. Výstavba hradu spadá až do neskoršieho obdobia na konci 13. až začiatku 14. storočia.  Za jeho zakladateľa môžeme považovať šľachtica Abu, zvaného Pekný alebo tiež Veľký. Neskoršie početné prestavby takmer dokonale zmenili podobu pôvodného Abovho hradu. Jeho pozostatkom je zrejme východná hranolová veža horného hradu stojaca na najvyššom mieste hradného vrchu. Ďalšie stavby patriace k veži, ako je opevnenie a prípadné obytné budovy.

Po smrti zakladateľa hradu v bitke pri Rozhanovciach v roku 1312 zrejme podstatnú časť abovských majetkov získal pre seba Matúš Čák. Dobrovodský hrad medzi nimi nebol, lebo z roku 1316 sa zachovali správy o sporoch Čáka s hradnými kastelánmi. Na jeseň 1316 sa Čák osobne sa postavil na čelo vojska, ktoré sa pokúsilo obsadiť Dobrú Vodu násilím. Neúspešné dobývanie hradu dokumentuje séria šiestich listín, ktorými Čák posádke za odovzdanie hradu ponúka slobodu, bezpečnosť a nahradenie škôd. Čák zrejme silou alebo vyjednávaním nakoniec hrad získal. Až po jeho smrti sa Dobrá Voda stala kráľovským majetkom a ďalších takmer 80 rokov bola v správe kráľovských kastelánov.

Na sklonku storočia, presnejšie v roku 1394, kráľ Žigmund daroval hrad spolu s panstvom svojmu obľúbencovi Stiborovi zo Stiboríc. Dobrá Voda sa podobne ako väčšina hradov západného Slovenska stala súčasťou rozsiahleho majetkového domínia poľskej šľachtickej rodiny. Stibor si za svoju obľúbené sídlo vybral  Beckov, Dobrá Voda zrejme slúžila pre ostatných členov rodiny. V listine z roku 1422 sa uvádza Stibor mladší „sedenim na Dobrevodie“, o rok neskôr na hrade vydáva listinu aj Stiborov brat Mikuláš.

Pravdepodobne za Stiborovcov sa pôvodný, zrejme rozsahovo neveľký hrad významne rozširuje. Na vrchole kopca za najstaršou vežou vzniká pozdĺžny palác a ďalšia obytná veža. Azda súčasne s výstavbou paláca vtedajší majitelia do hradného areálu zahrnuli aj úzky skalný hrebeň vybiehajúci na východ nad cestu vinúcu sa údolím pod hradom. Okraj skaly opevnili hradbou a na koncový skalnatý výbežok umiestnili ďalšiu palácovú budovu. Ďalšie prestavby sa sústreďovali na zlepšenie opevnenia prístupovej západnej strany. Na skalnej terase pod západnou obytnou vežou paláca vzniklo takmer pravidelné obdĺžnikové predhradie s vežovou bránou.

Stiborovci hrad vlastnili až do vymretia rodu v roku 1434. Potom prešiel do majetku ďalšieho významného Žigmundovho prívrženca Michala Orsága, ktorý spolu s Dobrou Vodou získal aj neďaleké Čachtice. V roku 1560 potvrdil panovník ako majiteľa panstva Krištofa Orsága. Orságovci na Dobrej Vode trvalo nesídlili a správu panstva riadili úradníci. Majetkom rodu bol hrad do jesene 1567, kedy rod vymrel po meči.

Orságovci sa v závere svojho panovania na Dobrej Vode postarali o výraznú modernizáciu opevnenia. Väčšina aktivít sústreďovala na južnú stranu pevnosti, kde sa nachádzalo mierne sedlo a návršie umožňujúce jeho ohrozenie delostreľbou. Medzi prvé úpravy patrila úplná prestavba hradieb horného hradu doplnených o obytnú budovu vsadenú do nárožia. V priľahlom  západnom predhradí si rozvoj vojenskej techniky vyžiadal zvýšenie pôvodných stredovekých hradieb takmer na a nahradenie cimburia strieľňami pre palné zbrane. Najviac ohrozenú stranu v duchu moderných princípov obrany stavitelia posilnili  podkovovitou delovou baštou nasmerovanou oproti miernemu svahu a návršiu na južnej strane. Pozornosť bola venovaná aj ochrane vstupu. Predbránie pred vstupom sa rozšírilo o oblú baštu chrániacu brány z bočnej strany.  Je možné, že dôvodom na prestavbu hradu mohlo byť jeho poškodenie pri obliehaní. Na túto možnosť poukazujú kamenné gule zamurované do muriva bašty a južnej hradby hradu, ktoré môžu byť pamiatkou na túto udalosť.

Dobrú Vodu po krátkom zálohovaní Jánovi Chronovi z Devečera v roku 1583 daroval Rudolf II. chorvátskemu bánovi Krištofovi Ungnádovi. Po ňom majetok zdedila dcéra Anna Mária, ktorá sa vydala za Tomáša Erdödiho. Týmto sobášom získali Erdödiovci významný podiel v dobrovodskom panstve, ďalšie časti vlastnili Lippajovci a neskôr aj Coborovci.

Nasledovníci Orságovcov niekedy koncom 16. až začiatkom 17. storočia pristúpili k ďalšiemu rozšíreniu sídla, ktoré sa opäť sústredilo na citlivú južnú stranu. Na bočnom svahu hradného vrchu vzniklo ďalšie predhradie, ktorého opevnenie zabralo rozsiahlu plochu (cca 100 x 50 m). Čelnú hradbu nového opevnenia zosilnili polkruhové bašty vybavené strieľňami v dvoch úrovniach, ktoré umožnili oddialiť palebné pozície prípadného dobyvateľa od hradu. Rozsiahla, čiastočne rovná plocha nového predhradia vytvorila potrebný chránený priestor pre ďalšie budovy hospodárskeho zázemia a zároveň umožnila lepšiu ochranu prístupovej cesty.

V priebehu 17. storočia bol vojenský význam hradu pre jeho pomerne odľahlú polohu v horskej kotline aj napriek nepokojným časom pomerne malý. Slúžil predovšetkým ako centrum správy panstva, o čom svedčia zachované inventáre, uvádzajúce zanedbaný stav hradných budov a slabú výzbroj. O niečo lepšie dopadla  úradná obhliadka z roku 1656, podľa ktorej bol hrad dobre vyzbrojený, avšak značne spustnutý. Lepšiu výzbroj, aspoň podľa počtu strelných zbraní, spomína ďalší inventár z roku 1684, podľa ktorého mala posádka k dispozícii  1 veľký kanón, 1 mažiar, 9 húfnic, 8 rozmetacích húfnic, 28 gúľ do kanóna, 5 reťazových gúľ do kanóna, 4 nádoby pušného prachu, 2 formy na kanónové gule a 4 železné okovy pre väzňov.

Najmladšie úpravy realizované v neskoršom priebehu 17. storočia Erdődiovcami mali za cieľ predovšetkým upraviť hrad pre potreby správy panstva. Prejavili sa predovšetkým výstavbou hospodárskych budov  priložených z vnútornej strany k hradbám západného a južného predhradia. Opracovaný kameň s letopočtom v hradbách horného hradu naznačuje, že v rámci stavebných úprav po polovici 17. storočia nezanedbali ani opravu opevnenia hornej časti hradu. Hradby zrejme vtedy dostali nadstavbu so strieľňami pre ručné palné zbrane a streleckými vežičkami na nárožiach opevnenia západného predhradia. Azda najmladšou stavbou z celého hradu bola baroková kaplnka (6), situovaná v kúte predhradia pri juhovýchodnej bašte.

Hrad v roku 1703 odolal nájazdu Rákociho povstalcov. V tej dobe slúžil len rôznym druhoradým funkciám, čo sa odrazilo aj v malom záujme o jeho údržbu. Správy z roku 1731 hovoria o zlom stave  horného hradu, kde bola časť striech krytá slamou. V roku 1760 ho obývali len štyria hajdúsi a vrátnik. O dva roky neskôr do hradu udrel blesk a spôsobil rozsiahly požiar. Po ňom sa uskutočnili základné opravy, pri ktorých bolo viacero budov obnovených a zastrešených. Napriek rekonštrukcii však od konca 18. storočia bola väčšina stavieb opustená a ponechaná svojmu osudu. Len v budovách predhradia vzniklo väzenie, ktoré v pustom hrade fungovalo ešte v roku 1824. Ostatné časti sa však nenávratne menili na zrúcaniny. Tento proces urýchlili poddaní, ktorí na základe povolenia panstva rozobrali časť múrov na stavebný materiál.